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批量蛋白质查找-蛋白质筛选

简述信息一览：

网址中输入NCBI，点开NCBI主页。在主页的右上方有可选框，选择protein，后面输入蛋白名称，如果想具体找到的话，直接输入物种加蛋白，回车即可。打开NCBI主页。左边search里面选择GENE 右边的对话框里输入你想要的基因名称。

对纯化的蛋白进行测序，一般能测5个氨基酸以上，拿得到的氨基酸序列在NCBI上进行blast比对，有可能知道这是什么基因。得到的蛋白序列越长，知道是什么基因的可能性就越大。

（图片来源网络，侵删）

最简单的办法：用BLAST工具你不知是到蛋白质序列，在NCBI 用该蛋白质序列在BLAST数据库，进行blast，可以找出基因序列。或将之转换为cDNA序列。用cDNA去BLAST 都能找到你所想要的基因序列。

蛋白质由N个氨基酸构成，由氨基酸种类推出mRNA，mRNA推出反密码子（即3个相邻的碱基排列顺序），通过碱基互补配对原则推出DNA上的密码子（这就是DNA片段）。

你是想把蛋白的序列提取出来是吗，可以用perl写个脚本，先一个一个的打开pdb文件，然后读出以SEQRES开头的行，并写入到一个新的文件中。

（图片来源网络，侵删）

利用生物信息学工具和数据库（例如NCBI、UniProt）获取蛋白质的氨基酸序列。进行序列比对，发现序列的保守区域或者特异性，通过多序列比对来分析蛋白质家族内的相关性。结构生物信息学分析利用蛋白质结构数据库（例如PDB）获取或预测蛋白质的三维结构。

用你要查的神经氨酸酶的英文名称或者简称或者你知道的PDB编号在PDB里搜索，会出现很多相关蛋白。每个都有简要描述引用的文献仔细看看找到你想要的下载PDB文件还有对应的文献看看（每一个蛋白结构都是通过发表文章测定公布的）。

PyMol盐析法：盐析法的根据是蛋白质在稀盐溶液中，溶解度会随盐浓度的增高而上升，但当盐浓度增高到一定数值时，使水活度降低，进而导致蛋白质分子表面电荷逐渐被中和，水化膜逐渐被破坏，最终引起蛋白质分子间互相凝聚并从溶液中析出。

根据化学组成测定最低分子量用化学分析方法测出蛋白质中某一微量元素的含量，并假设分子中只有一个这种元素的原子，就可以计算出蛋白质的最低分子量。

可测定蛋白质分子量的方法有：超速离心法、电泳法。蛋白质（protein）是组成人体一切细胞、组织的重要成分。一旦蛋白质在体内转化为脂肪，血液的酸性就会提高。机体所有重要的组成部分都需要有蛋白质的参与。一般说，蛋白质约占人体全部质量的18%，最重要的还是其与生命现象有关。

电脑浏览器百度搜索NCBI，直接点击图示链接进入。下一步打开其中的首页，需要搜索对象并选择跳转。这个时候如果没问题，就继续确定浏览所查询的蛋白质。这样一来等得到相关的结果以后，即可实现要求了。

功能鉴定：对差异蛋白的生物学功能进行深入研究，如其在细胞中的作用、调控网络等。疾病相关性研究：探讨差异蛋白在特定疾病或生理过程中的角色。例如，某些差异蛋白可能与某种疾病的发病机制、预后或治疗响应性有关。结构生物学研究：探索差异蛋白的三维结构、结构与功能之间的关系等。

互作网络分析：（1）利用如STRING、BioGRID等数据库，构建蛋白质之间的相互作用网络。（2）识别关键蛋白或亚网络，它们可能在疾病或特定生物过程中起到中心作用。验证：使用西方印迹、免疫荧光等技术，对筛选出的关键差异蛋白进行实验验证。

如果你们完全没有经验，最好是找人帮你做。这样的话成功几率比较大。

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